2004年12月31日，位于北京市石景山區(qū)京原路的原中鐵建總醫(yī)院從企業(yè)中分離，整體劃轉(zhuǎn)，并入北京朝陽醫(yī)院，成立北京朝陽醫(yī)院京西院區(qū)。是石景山地區(qū)唯一一家非營利性三級甲等綜合性醫(yī)院。
經(jīng)過近一年的停業(yè)裝修改擴(kuò)建，更新醫(yī)療設(shè)備460余臺（套），進(jìn)行人員培訓(xùn)和面向國內(nèi)外招聘引進(jìn)學(xué)科高端人才，于2005年3月28日開診試運(yùn)行。首批開設(shè)550張病床，其中重癥監(jiān)護(hù)病床32張。經(jīng)過一個(gè)多月的試運(yùn)行，各項(xiàng)醫(yī)療工作運(yùn)轉(zhuǎn)正常，于2005年5月19日正式開院，并舉行了隆重的開院慶典儀式。黨和國家領(lǐng)導(dǎo)人何魯麗、吳階平、韓啟德給醫(yī)院發(fā)來了賀信和賀電；衛(wèi)生部副部長黃潔夫、北京市副市長牛有成等各級領(lǐng)導(dǎo)親臨會場，為京西院區(qū)的開院發(fā)表了熱情洋溢的講話，對京西院區(qū)的建設(shè)和發(fā)展提出了明確的要求，并寄予了厚望。
京西院區(qū)依托朝陽醫(yī)院本部強(qiáng)大的學(xué)術(shù)學(xué)科和人才資源優(yōu)勢，資源共享，科室設(shè)置齊全，擁有一批高水平的醫(yī)療知名專家、學(xué)者與學(xué)科帶頭人。在高水平綜合醫(yī)院基礎(chǔ)上，突出專科特色，重點(diǎn)打造呼吸中心、心臟中心、重癥監(jiān)護(hù)中心、急診中心、職業(yè)病與化學(xué)品中毒救治中心等優(yōu)勢學(xué)科和干部綜合科、腦病中心、腎病中心、肝膽中心等特色科室。同時(shí)，承擔(dān)突發(fā)性公共衛(wèi)生事件的應(yīng)急功能。