重慶市中山醫院是由創建于1935年的義林醫院、解放后改建的重慶市第二人民醫院、1961年成立的重慶市外科醫院演變發展而來。2001年，經市相關部門批準，正式更名為中山醫院。經過七十多年的發展建設和全院職工的共同努力，憑借艱苦奮斗、團結協作的優良傳統和“素質、責任、務實、創新”的時代精神，中山醫院的發展進入了快速發展。
　　重慶市外科醫院曾集中了市內著名外科專家王安定、冉瑞圖等一大批業務骨干，是重慶市成立二級分支外科、胸心外科、肝膽外科、骨傷骨病外科最早的醫院之一。因此這三個專業一直是醫院的強項。
　　近十余年來，在我市著名胸、心血管外科專家何德沛院長領導下，醫院發展迅速，不但建成了《重慶市心肺血管疾病醫療研究中心》、《中國心血管技術協作培訓中心西南分中心》、《重慶市骨傷骨病治療中心》《腫瘤放射治療中心》等，而且還建立健全了全部的外科和內科的二級分科及婦、五官、皮膚科等綜合醫療功能，引進了大批先進的診療設備，培養造就了大批優秀中青年專家和業務骨干，還新建了三幢現代化的住院大樓、門診大樓和放射治療樓。成為社會公認的重慶市發展最快的醫院之一。為了使醫院的功能與名稱相一致，也為了紀念革命先行者孫中山先生，經市政府批準，2001年2月24日重慶市外科醫院正式更名為重慶市中山醫院。
重慶市中山醫院技術力量雄厚，專業配套齊全，設備先進，醫療條件好，擅長處理外科、內科各專業的各類疑難重癥及各種創傷和復合創傷等病人。在各科和內外科聯合救治和嚴密監護治療的良好條件下，醫療效果顯著，是重慶市衛生局直屬集科研、教學、醫療一體的有較強綜合實力的三級專科醫院。
　　全院共設置病床450張，現有職工555人，其中專業技術人員386人，高級職稱100人，中級職稱115人。醫院擁有以何德沛為代表的國內著名專家十余人，有榮獲國務院政府特殊津貼和國家級有突出貢獻的中青年專家5人。臨床科室有心血管外科，小兒心臟外科、心臟介入治療科、胸外科、普外科、肝膽外科、神經外科、泌尿外科、骨傷科、骨病科、心血管內科、呼吸內科、神經內科、消化內科、腎內科、內分泌科、腫瘤科、腫瘤放射治療科、血液病科、中醫科、眼科、耳鼻喉科、婦科、皮膚科、理療康復科、醫學美容科、急診科、手術室、麻醉科、重癥監護病房（ICU）、血液透析室等。醫技科室有藥劑科、檢驗科、放射科、功能檢查科、病理科、供應室、營養科等，并設有心臟血管疾病和骨傷骨病相關研究室共5個。其中心血管外科與骨傷骨病科是重慶市醫學重點學科.
　　醫院擁有各種大型及先進醫療設備如：先進的以色列ELSCINT雙螺旋CT，美國GE1250MA數字減影心血管造影機、日本1300MA大型C臂X線機，500MA胃腸X線檢查機、多臺美國和德國的X線攝片機、智能惠普5500型心臟彩色多普勒檢查儀、西門子小獅王B型超聲及顱腦彩色多普勒、美國太空實驗室心電運動平板檢查儀、日本光電的肌電圖一誘發電位及心臟、神經電生理檢查儀，骨密度檢查儀、腎結石碎石機、德國西門子先進的直線加速器、后裝機、頭部、體部X刀全套設備，意大利BELLCO公司產Formula2000型世界先進的血液凈化裝置、各種進口的電子胃鏡、十二指腸鏡、結腸鏡、支纖鏡、膀胱鏡、腹腔鏡、胸腔鏡、關節鏡、前列腺氣化電切鏡、麻醉機、呼吸機、人工心肺機、多功能心肺床邊監護和中心監護系統、心內電生理檢查、病理及臨床檢驗等先進設備。
　　新建住院大樓外設有綠化區和供交通使用的中山廣場，供病員休閑散步及車輛往來。大樓內布局合理，各部門之間聯系配合方便，設有電梯、中央空調、中央吸引、中心供氧、消防報警、雙路電源等系統。病區設甲、乙、丙、丁四類不同檔次病房，滿足不同層次病人的需求，每間病房有獨立衛生間及淋浴設施，24小時供應熱水、開水。新門診大樓臨街而立，風格別具，有專門為醫院而設的停車港，門診設服務咨詢臺有免費供病員使用的推車及坐椅，診斷室均為單間，方便病員檢查及候診，各專科門診節假日均開放，門診外設有停車場，專人24小時管理。急診設有綠色通道，搶救、治療、觀察設施齊備，24小時專家應診。醫院還開展出動救護車接送病員服務。方便患者就診。
　　中山醫院從1993年開始在全國率先推出以病人為中心，病人選擇門診和住院醫生的醫療模式，醫務人員良好的醫德醫風受到黨和國家領導人李嵐清副總理的表彰和社會各界及廣大病員的好評。醫院還投入1000多萬，對全院就醫環境進行優化改造，打造就醫無障礙醫院。使整體布局更為合理，通行順暢無阻，極大方便了患者就醫。病房的“人性化”配置也更為全面，除了中央空調、中央吸引、中央供氧、消防報警、雙路電源等系統。
為搞好醫院文化建設工作，增強凝聚力，宏揚醫德醫風。醫院通過組織拔河比賽、演講比賽、開展有獎征文、發起愛心募捐等多種形式，充分展示了全院職工積極向上、朝氣蓬勃的精神面貌。有效地推動醫院優質服務，提高了服務質量。極大地調動了全院職工的工作積極性，增強了主人翁意識，架起一座醫患溝通的橋梁，彰顯出“關注民生、服務大眾”的美好理念，一種處處以病人為中心的良好醫風醫德在全院上下蔚然形成。
重慶市中山醫院是一所具有光榮歷史和優良傳統的醫院。這里既是抗戰時期陪都遺址，又是紅巖英烈江姐學習生活并走上革命道路的地方。重慶市中山醫院繼承和發揚醫院的優良傳統，始終以“關注民生，服務大眾”為己任，秉承“以人為本”的服務理念，堅持市場經濟條件下公立醫院的公益性質。
　　自1997年重慶直轄以來，在學習和實踐科學發展觀的過程中，中山醫院深入開展“扶農進縣區、扶弱進社區、扶貧進病區”的“三扶三進”醫療助貧活動，得到社會各界和廣大人民群眾的好評與稱贊。
　　2009年6月17日，重慶市首家“慈善門診”揭牌儀式在中山醫院舉行，這標志著重慶慈善事業的發展又進入了一個新的里程碑，也標志著中山醫院同重慶市慈善總會的協作又進入了一個全新的歷程。
中國之城市，皆有中山路。然中山路上有中山醫院者，唯獨重慶一家。重慶市中山醫院始建三十年代，為私立義林醫院。陪都時期，國民政府立法院與司法院設于醫院門診樓，時任立法院院長的孫中山之孫立便在此辦公。解放伊始，此為重慶市第二人民醫院。六十年代，重慶市政府抽調大批著名外科專家、麻醉專家以及放射專家來此，組建為國內著名專科醫院，即重慶市為科醫院。外科醫院蓄意進取，艱苦攻關，在心胸外科肝膽外科連同骨科領域均有卓越建樹，屢創全國和省市記錄。此乃第一次創業也。二次創業之序幕于八十年代揭開。欣逢科學春天，順應改革潮流，制定三個五年計劃，實施就地建設之決策。九十年代，醫院改擴建全面完成，單一外科始向多學科尤象內科調整，加之重慶市政府心肺血管疾病與骨傷骨病醫療研究中心設與該院，該院業以形成具有較強綜合醫學功能之醫療體系，成為重慶市發展建設成效最好的醫院之一。有鑒于此,經市政府有關部門批準，重慶市外科醫院于公元2001年2月24日正式更名為重慶市中山醫院，意在紀念中山先生,效法先生行醫時精湛之醫術、崇尚之醫德，以愈加竭誠為重慶社會與經濟發展服務。