蘇州中醫院創建于1956年，建院后匯集了黃一峰、陳明善、奚鳳霖等一大批名老中醫。目前我院擁有一批省、市名中醫、名中西醫結合專家。經過四十多年的發展，現已成為一所醫療、教學、科研相結?的綜合性中醫?。目前是全國示范中醫醫院和三級甲等中醫院、南京中醫藥大學附屬醫院、南京中醫藥大學教學醫院、上海中醫藥大學聯合培養研究生基地。蘇州市中醫藥研究所、蘇州市中醫學會、蘇州市中西醫學會、蘇州中醫藥博物館設于本院。
蘇州市中醫醫院有主任醫（藥）師28名，副主任醫（藥）師83名，主治醫（藥）師223名，兼職博士生導師2名，兼職教授、副教授72名（其中教授22名、副教授50名），講師19名，具有本、專科畢業學歷的醫師225名（其中本科142名、專科83名），占醫師總數的的95％以上。醫院有博士7名，碩士47名。臨床一級科室設有內科、外科、肛腸科、急診科、骨傷科、針灸科、婦科、兒科、推拿科、皮膚科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、調養服務中心共十四個。臨床二級科室設有消化內科、腎內科、腫瘤科、心血管內科、內分泌科、呼吸科、風濕科、血液內科、神經內科、中醫整骨、創傷、脊柱、關節病、關節鏡、泌尿科、男性科、腦外科、瘡瘍科、乳房病、麻醉科。門診開設具有中醫特色的專病?？?0個。其它業務科室有：放射科（含ＣＴ室）、檢驗科、病理科、功能檢、查科（超聲波、內窺鏡、心電圖、24小時動態心電圖）、藥劑科、消毒供應室、手術室、麻醉科、營養室、圖書館、病案統計室、信息科、中醫藥研究所等。
目前，蘇州市中醫醫院骨傷科為國家中醫重點臨床專科；中醫婦科不孕癥專病被國家中醫藥管理局批準為國家中醫重點臨床?？疲▽２。﹨f作組單位；消化科被列為國家中醫重點臨床專科建設單位；呼吸內科被列為省中醫重點臨床?？平ㄔO單位；肛腸科、針灸科是市中醫重點臨床專科。
蘇州市中醫醫院先后與美國、日本、新加坡、加拿大、澳大利亞、德國等進行了交流與合作，并與日本前田中國醫學研究院形成了長期交流關系。在新加坡開設了合作診所。蘇州中醫藥事業越來越成為蘇州對外交流的橋梁和紐帶。
隨著醫院的不斷發展，經多方考證，由于醫院處于古城鬧市區，交通擁堵，現已不能適應蘇州經濟建設發展的需要，也難以滿足廣大人民群眾對中醫服務的需求。為了振興中醫藥學，弘揚吳門醫派，保護古城，蘇州市委、市政府堅持“以人為本”的執政理念，決定實施中醫院遷建工程。而醫院原址繼續辦好中醫藥博物館，宣傳吳門醫派文化特色；保留市區名老中醫高級專家門診；保留制劑大樓，繼續自制產品的生產。新建成的蘇州市中醫醫院位于滄浪新城內友新高架、吳中西路之南側，西鄰新郭路，南接楊素路，北靠吳中西路，占地面積38792平方米，并建有中藥植物園，依山傍水，交通便捷，環境幽雅。新建醫院總建筑面積90萬平方米，將擁有580張床位，年門、急診量達80萬人次以上。將提供門、急診醫療服務和住院醫療服務，滿足蘇州城區以及周邊地區群眾的醫療需求。并以各種傳統自然療法為手段，提供以中醫中藥為主的特需醫療服務，滿足市民不同層次的需求。加強急診、急救體系建設，適應新建醫院所在地區群眾的需求。建立設施先進的教學基地，開展各科后期臨床課程教學、碩士及博士研究生教學、臨床實習教學、員工的繼續教育、進修人員培訓等教學工作。進一步開展國家新藥Ⅰ期臨床、Ⅱ期臨床研究工作。屆時，蘇州市中醫醫院將是一所科室齊全、管理科學、服務設施一流的現代化大型綜合性中醫醫院，醫院服務功能將進一步完善，進一步繼承吳門醫派特色優勢，為人民群眾提供更優質的醫療服務。