杭州市兒童醫院是由杭州市政府全額投資新建的一所市屬非營利性公立醫院，經省衛生廳批準，按三級甲等兒童醫院建設，目前核定編制560人，核定床位500張。
　　醫院于2009年1月20日開張試運行，2012年7月市六醫院整體搬遷，醫院正式獨立運行，近幾年來的努力建設發展，目前醫院已開設普內科、普外科、感染科、新生兒科、眼科、中醫科和兒童保健科等專業，日門診量已突破1100人次，床位使用率超過100%。醫院感染科現為杭州市醫學重點學科。承擔了省科技廳、省衛生廳、市科技局和市衛生局等多項課題。承接多家高等醫學院校教學任務。醫院感染科無論門診還是住院規模、無論醫療技術還是服務品質均已達到國內領先水平，手足口病更是成為省內重癥定點診治醫院。綜合樓啟用后準備增設皮膚科、耳鼻喉科、口腔科、骨科等專科。
　　在人才建設方面醫院正通過各類途徑引進、招聘兒科多專業人員。現有在職人員493人,其中衛生技術人員396人。
　　根據市委市政府和市衛生局的要求，市兒童醫院將加快建設和發展速度，目前正在對3萬平米的十六層病房大樓進行裝修改造已竣工驗收結束準備啟用。一個嶄新的，極富兒童特色的，擁有500張床位的兒童醫院即將呈現在杭州百姓面前。同時，在醫院西側正在啟動新建一幢兒童醫療綜合樓，建筑面積6萬平方米，設計床位500張，預計2014年底開工，建設周期3年。改造和新建工程結束后醫院床位將達到1000張。通過引進先進的設計和管理理念，新建的杭州市兒童醫院將會成為一所管理現代化、服務品質化，充分體現兒童特色的現代化醫院。