1987年，市政府決定撤消原衢州市工人醫院，將該院所有人員、資產、房屋劃入市衛生局，成立衢州市中醫門診部，并在此基礎上開始籌建衢州市中醫醫院。

　　1991年2月5日，經市政府第12次常務會通過，決定正式新建衢州市中醫醫院，并對選址、規模發展、經費等做了具體研究。同年，省計經委、省衛生廳分別下達衢州市中醫醫院建設計劃設計任務書和總體規劃批準書，衢州市中醫醫院籌備領導小組開始具體實施籌建工作。

　　1992年12月，經省衛生廳批準，成立衢州市中醫醫院；同時衢州市衛生局決定將衢州市荷花門診部、衢州市中醫門診部所有人員、資產并入衢州市中醫醫院建制。醫院門診大樓于1993年4月10日正式對外開診服務。經過幾代中醫院人的智慧和努力，已發展成為集醫療、科研、教學、康復、保健為一體的，具有濃厚中醫特色的浙江省三級乙等中醫醫院。我院是衢州市唯一一家衛生部授牌的國際緊急救援網絡醫院，被衢州市政府命名為衢州市惠民醫院。

　　醫院現占地面積50畝，建筑面積4萬余平方米。醫院總資產1.6億元。核定床位450張，目前實際開放10個病區400張床位，醫院臨床、醫技科室按照國家三級中醫院的要求設置并運行，其中針灸科是省級重點學科，腎病科和肛腸科是省重點中醫專科。
　　
　　醫院現有在職職工493人，其中衛技人員406人；高級職稱83人，中級職稱136人；具有碩士研究生學歷27人；有國家級名中醫1名，市拔尖人才1名（中醫），市級名中醫、名醫和學科帶頭人13名（其中名中醫6人）。

　　近年來，醫院先后引進螺旋CT機、等離子電切鏡、肺功能儀、德國魯道夫椎間盤鏡、進口數字化多功能X線機、單板直接數字成相系統（DR）、全自動生化儀、血透儀、電子胃鏡、腸鏡以及各類進口超聲診斷儀等醫療設備，技術力量進一步增強。開展了肝葉切除術，胰十二指腸腫瘤根治術，結腸癌根治術，肺癌根治術，腹腔鏡膽囊切除、脾切除、結腸手術、婦科等手術，燒傷整形手術等項目，針灸科、推拿科、肛腸科、腎病科、婦產科、骨傷科、外科等在本市處于先進地位。擅長中醫及中西醫結合治療常見病、多發病及疑難病癥，在中風、腰椎間盤突出癥、頸椎病、肝病、腎病、肛腸等疾病的中西醫結合治療在當地及周邊地區均有較高知名度。

　　醫院堅持“以中醫為特色，爭創四省邊際領先的現代臨床研究型中醫院”的發展戰略，積極開展“樹名醫、創名科、建名院”、“中醫院管理年”和“三好一滿意”、“爭先創優”等活動，取得了豐碩的成果。醫院先后被列入全國重點中醫院200強建設單位、浙江省第一批中醫“名院”項目扶持建設單位，獲省文明中醫院、職業道德建設先進單位、平安醫院、綠色醫院和市科技工作先進單位等榮譽稱號。

　　醫院將在市委、市政府和上級衛生行政部門的正確領導下，以優良、便捷、價廉、安全的服務深得病人的信賴，在老百姓中樹立了良好的口碑，為衢州及周邊地區人民的身體健康做出了積極貢獻。