廈門市中醫(yī)院正式成立于1956年11月，是全國首批示范性中醫(yī)院、福建中醫(yī)學院附屬醫(yī)院、北京中醫(yī)藥大學廈門臨床醫(yī)學院，是一所集中醫(yī)醫(yī)療、教學、科研為一體的綜合性中醫(yī)院。

醫(yī)院臨床科室齊全，綜合功能完善，中醫(yī)特色鮮明。擁有了一批中西醫(yī)結(jié)合、綜合實力較強的重點專科，形成了具有中醫(yī)特色的優(yōu)勢學科群。廈門市四大醫(yī)學中心之一的肝病中心為**重點專科；脾胃專科的慢性胃炎是國家中醫(yī)藥管理局重點專病；同時擁有兩個福建省重點專科——肛腸（痔瘡）病治療中心及糖尿病專科；還有中西醫(yī)結(jié)合兒科、中西醫(yī)結(jié)合膽胰專科、中西醫(yī)結(jié)合骨關節(jié)病專科是福建省重點專科建設單位。

近幾年來，醫(yī)院先后被評為福建省文明中醫(yī)院、廈門市百家窗口優(yōu)質(zhì)服務競賽優(yōu)勝單位、福建省“創(chuàng)文明行業(yè)、建滿意窗口”示范單位。1995年通過**驗收，成為全國首批示范性中醫(yī)院。2001年經(jīng)市衛(wèi)生局批準，醫(yī)院先后與市**門診部、同安區(qū)中醫(yī)院成立醫(yī)療服務聯(lián)合體。