新疆維吾爾自治區腫瘤醫院暨新疆醫科大學附屬腫瘤醫院、新疆醫科大學第三附屬醫院、新疆醫科大學第三臨床醫學院成立于1989年12月，是自治區唯一一所集醫療、教學、科研、預防和繼續醫學教育為一體的三級甲等腫瘤專科醫院。新疆維吾爾自治區腫瘤防治研究所、自治區腫瘤防治辦公室、自治區抗癌協會、自治區放射治療質量控制中心等機構掛靠在我院。
　　經過近20年的建設和發展，醫院現占地9.5萬平方米，建筑總面積達15.79萬平萬米，固定資產5億余元。設置30個臨床科室，16個醫技檢查科室，28個職能科室。醫院現開放床位1400張，年門診量近10萬人次,年收治病人24000余人次，年手術11000余例。醫院現有職工1200余人，專業技術人員1029人，其中高級專業技術人員120余人，中級160余人，享受國務院特殊津貼專家3人，衛生部有突出貢獻中青年專家1人，自治區優秀專家3人。醫院為新疆醫科大學腫瘤專科碩士研究生學位授權點,目前有博士研究生導師4人，碩士研究生導師38人。每年承擔新疆醫科大學本科教學任務及研究生的培養工作。在院研究生200余人，目前正在積極申報腫瘤學博士點和國家藥物臨床試驗基地。
　　醫院在全面提高醫療技術水平的同時，重點強化學科建設，堅持“大專科、小綜合”的學科發展思路，打造優勢學科、品牌學科，著力培育具有我院特色的學科體系，逐步形成了“外科是龍頭、放療是特色、內科是基礎、病理是保障、輔助檢查是支撐”的學科發展局面。
　　醫院現設有腫瘤外科專業十一個：分別是神經腫瘤外科、頭頸腫瘤外科、甲狀腺腫瘤外科、乳腺腫瘤外科、胸部腫瘤外科（肺與縱隔病區、食道與賁門病區）、胃腸腫瘤外科（胃與后腹膜病區、腸病區）、肝膽胰腫瘤外科、泌尿腫瘤外科、骨與軟組織腫瘤外科、婦科腫瘤外科、腫瘤介入治療科；腫瘤內科專業四個：肺癌腫瘤化療科；泌尿、生殖及不明原因轉移癌化療科；淋巴瘤、血液及乳腺癌腫瘤化療科；消化腫瘤化療科。腫瘤放射治療專業四個:頭頸部腫瘤放療科、胸腹部腫瘤放療科、乳腺腫瘤放療科、婦科腫瘤放療科。醫院還開設有中西醫結合科。醫院醫技科室設有病理診斷中心、臨床檢驗中心（內設臨檢室、生化室、細菌室、免疫室、艾滋病初篩實驗室）、放射治療中心、內窺鏡診斷中心、影像診斷中心（放射診斷科、CT室、磁共振室、B超診斷科、核醫學科）、心肺功能科、輸血科等。醫院綜合醫療科可開展各種常見病、心血管病、中老年病、內分泌、神經系統等疾病的診治。急診科還可開展各種急危重癥的搶救與診治。
　　2001年4月我院與香港著名愛國人士李嘉誠先生達成協議，由李嘉誠先生出資捐助建立新疆醫科大學附屬腫瘤醫院寧養院，在全國寧養基金會每年投入100萬元的基礎上，醫院每年配套資金20萬元，六年來為全疆3500余位各族貧困晚期癌癥患者免費提供上門診療、心理咨詢等服務，醫院還組成了由青年醫護人員為主體、社會志愿者積極參與的寧養義工隊伍和抗癌之家。
　　近幾年，醫院為了不斷提高醫療質量和服務水平，多渠道籌資，先后投入近3億余元購進先進的醫療診治設備，其中放療中心設備：具有世界放療技術最高水平的美國瓦里安IGRT直線加速器，該加速器具有CT融合技術，可在圖像引導下開展適形精確調強放療；美國瓦里安2300C/D、23EX、600C/D3臺直線加速器和TPS治療計劃系統，可開展國際先進水平的三維立體動態適形放療和動態調強治療及頭部X刀；后裝治療機，高能超聲聚焦刀，強生前哨淋巴結探測儀、麥默通乳腺微創旋切系統等腫瘤治療設備；用于腫瘤介入治療的飛利浦1000mA大C臂數字減影機。影像診斷中心設備：飛利浦、西門子、GE、日立等品牌共12臺高檔彩色多普勒B超機。全數字化胃腸機、飛利浦CR、飛利浦數字X線攝影系統（DR）、乳腺鉬鈀機、飛利浦大孔徑CT（用于放療定位）、飛利浦多層螺旋CT、西門子SPECT/CT、飛利浦ECT、GE1.5T雙梯度核磁共振。內鏡診治中心設備：德國雪力乳腺導管內窺鏡系統、全套進口電子內窺鏡、胸腹腔鏡、宮腔鏡。臨檢中心和病理診斷中心設備：貝克曼全自動生化分析儀、全自動血球分析儀、羅氏電化學發光儀、尿沉渣檢測儀、酶標儀、自動封片染色儀。
　　醫院擁有一批享譽區內外的老中青專家及學科帶頭人，以我區特高發腫瘤疾病為研發重點，形成了腫瘤以手術治療，放射治療，藥物治療，介入治療，高能超聲聚焦治療（熱療）為特色的多學科綜合治療體系。腫瘤的診療在自治區處于領先水平，某些項目達到國內先進水平，個別項目達到國際先進水平。
　　自建院以來，醫院始終貫徹“患者至上”的服務理念，秉承“以病人為中心，以事業為中心，以社會為中心”的宗旨，從嚴治院，強化管理，完善功能，謀求醫院全面協調可持續發展，各方面都取得了可喜成績。近幾年醫院先后榮獲多項榮譽：全國衛生系統先進集體；全國衛生、科技、教育三下鄉先進集體；自治區“十佳”醫院；自治區先進基層黨組織；自治區級文明單位；自治區行風建設優秀單位；自治區糾風工作先進集體；自治區職業道德建設“十佳”單位；自治區教育系統民主管理先進單位；自治區城市醫務人員下鄉服務先進集體；全國醫院文化建設先進單位。