昆明醫(yī)學(xué)院口腔醫(yī)院前身為創(chuàng)建于1979年的口腔醫(yī)學(xué)系，2001年10月學(xué)校根據(jù)建設(shè)發(fā)展的需要更名為口腔醫(yī)學(xué)院，2004年9月經(jīng)省委省政府和省衛(wèi)生廳批準，整合第一附屬醫(yī)院6個口腔臨床科室和第二附屬醫(yī)院口腔科組建昆明醫(yī)學(xué)院附屬口腔醫(yī)院，于2006年10月18日正式掛牌。昆明醫(yī)學(xué)院口腔醫(yī)學(xué)院（醫(yī)院）經(jīng)過不斷的建設(shè)和發(fā)展，現(xiàn)已成為云南省唯一集教學(xué)、醫(yī)療、科研為一體的口腔醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)基地。
口腔醫(yī)學(xué)院和附屬口腔醫(yī)院目前實行“兩塊牌子，一套班子”的管理模式，設(shè)有綜合辦公室、工會、團委、學(xué)生辦公室、教學(xué)管理辦公室、財務(wù)科、醫(yī)護科、科教科和后勤設(shè)備科等部門。現(xiàn)有正式在編職工118名，其中教授（主任醫(yī)師）5名，副教授（副主任醫(yī)師）36名，講師（主治醫(yī)師）40名；具有博士學(xué)位者12名，具有碩士學(xué)位者34名。博士生導(dǎo)師1名，碩士生導(dǎo)師21名。外聘職工67名，其中財務(wù)及管理11名，護士39名，保衛(wèi)7名，工勤10名。
口腔醫(yī)學(xué)院目前設(shè)有口腔內(nèi)科學(xué)、口腔頜面外科學(xué)、口腔矯形學(xué)、口腔組織病理學(xué)和口腔解剖生理學(xué)等五個教研室，一個綜合實驗室和一個口腔醫(yī)學(xué)研究所，共開設(shè)12門口腔專業(yè)基礎(chǔ)及臨床課程；2001年獲云南省省級重點建設(shè)學(xué)科，2005年被云南省評為省級重點專業(yè)，2006年口腔臨床醫(yī)學(xué)獲云南省“十一五”建設(shè)規(guī)劃二類重點學(xué)科，口腔修復(fù)學(xué)于2006年被評為云南省精品課程。1986年口腔內(nèi)科學(xué)開始招收碩士研究生；1997年獲得口腔臨床醫(yī)學(xué)碩士學(xué)位授權(quán)點，2002年8月，口腔醫(yī)學(xué)成為一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點。目前申報博士點的工作正在進行當中。
學(xué)院一貫重視科研工作，科研成果喜人。近三年來共支配科研經(jīng)費374萬元，年均124.7萬元；科研項目獲省部級獎共18項，獲發(fā)明專利2項；出版學(xué)術(shù)專著5部；在國內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文284篇，其中被SCI收錄11篇；目前承擔各類科研項目36項，其中國家自然科學(xué)基金項目3項。
昆明醫(yī)學(xué)院口腔醫(yī)院積極倡導(dǎo)國際交流與合作，多次邀請美國、加拿大、日本、泰國、韓國的專家教授來我院講學(xué)交流，與日本新瀉大學(xué)、泰國瑪海多大學(xué)牙學(xué)院、清邁大學(xué)牙學(xué)院建立了友好合作關(guān)系。先后有二十余名教師赴美國、加拿大、英國、日本、泰國進修學(xué)習(xí)。2004年作為中國唯一代表加入湄公河區(qū)域國際牙科協(xié)作組織(IDCMR)，并于2006年10月18日口腔醫(yī)院建成揭牌之時承辦了“第三屆湄公河流域口腔醫(yī)學(xué)協(xié)作組織學(xué)術(shù)交流會”；2006年8月承辦了全國“牙周病檢查診斷及治療的規(guī)范化評估”培訓(xùn)班。近三年中，共二十余名研究生和本科生被選派赴泰國和北京等地參加國際學(xué)術(shù)交流活動。